Chemische Inhibitoren von HDA5 wirken in erster Linie, indem sie die Fähigkeit des Enzyms, Histonproteine zu deacetylieren, behindern, ein Schlüsselprozess bei der Regulierung der Genexpression in Zellen. Trichostatin A, Vorinostat und Panobinostat beispielsweise wirken, indem sie an HDA5 binden und dessen Deacetylaseaktivität hemmen. Diese Interaktion führt zu einer Anhäufung von acetylierten Histonen, die nicht in der Lage sind, den normalen Deacetylierungsprozess zu durchlaufen, den HDA5 normalerweise ermöglicht. In ähnlicher Weise üben Belinostat und Romidepsin ihre hemmende Wirkung aus, indem sie sich mit dem aktiven Zentrum von HDA5 verbinden und so die Fähigkeit des Enzyms behindern, mit Histonen zu interagieren und seine Funktion, Acetylgruppen zu entfernen, auszuüben. Chidamid folgt demselben Mechanismus, indem es an HDA5 bindet und dessen Aktivität verändert, was zu einer Zunahme der acetylierten Histone in der Zelle führt.
Darüber hinaus Valproinsäure und Natriumbutyrat, die zwar unterschiedliche primäre Verwendungszwecke haben, weisen ebenfalls eine HDA5-hemmende Wirkung auf, indem sie den Grad der Histonacetylierung erhöhen, wodurch die Chromatinstruktur beeinflusst und die Expression von Genen verändert wird, die durch HDA5 reguliert werden. SAHA, ein anderer Name für Vorinostat, bindet an HDA5 und blockiert die deacetylierende Funktion des Enzyms, was zu Veränderungen in der Genexpression führt. Entinostat, Mocetinostat und Tacedinalin, allesamt HDAC-Inhibitoren, können HDA5 durch Bindung an seine Deacetylase-Domäne hemmen und so das Enzym daran hindern, Histonproteine zu deacetylieren. Diese Hemmung führt dazu, dass die Acetylierung auf den Histonen bestehen bleibt, was sich wiederum auf die Transkriptionskontrolle auswirkt, die HDA5 normalerweise über seine Zielgene ausüben würde.
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