Chemische Hemmstoffe von FAM40A wirken über verschiedene Mechanismen, die sich mit der Rolle des Proteins bei zellulären Prozessen überschneiden. Staurosporin und Gö 6983 zum Beispiel sind Breitspektrum-Kinase-Inhibitoren, die die Funktion von Proteinkinasen stören, die den STRIPAK-Komplex regulieren, zu dem FAM40A gehört. Durch die Hemmung dieser Kinasen wird die regulatorische Kontrolle über den STRIPAK-Komplex beeinträchtigt, was zu einer funktionellen Hemmung von FAM40A führt. In ähnlicher Weise kann PP2, ein selektiver Inhibitor der Src-Familie von Tyrosinkinasen, FAM40A hemmen, indem es die von der Tyrosinphosphorylierung abhängigen Signaltransduktionswege verhindert, die ansonsten die Aktivität des STRIPAK-Komplexes modulieren könnten. Auf einer anderen Ebene kann Y-27632, ein ROCK-Inhibitor, die Dynamik des Aktin-Zytoskeletts stören, was indirekt zu einer Hemmung von FAM40A führt, das an der Organisation des Zytoskeletts beteiligt ist.
Darüber hinaus hemmen U0126 und PD98059, beides MEK-Inhibitoren, indirekt FAM40A, indem sie in den MAPK/ERK-Signalweg eingreifen, einen wichtigen Signalweg, den FAM40A möglicherweise beeinflusst. LY294002 und Wortmannin, als PI3K-Inhibitoren, unterbrechen den AKT-Signalweg und verändern dadurch möglicherweise die Funktion von FAM40A aufgrund seiner Rolle bei der Signaltransduktion im Zusammenhang mit dem Überleben und Wachstum von Zellen. Die Hemmung der p38-MAP-Kinase durch SB203580 wirkt sich auch auf die zelluläre Stressreaktion aus, was zu einer funktionellen Hemmung von FAM40A aufgrund seiner potenziellen Interaktionen mit auf Stress reagierenden zellulären Komponenten führen kann. Der JNK-Inhibitor SP600125 unterbricht die Apoptose- und Proliferations-Signalwege, die andere Wege sind, über die die Funktion von FAM40A indirekt gehemmt werden kann. BAY 11-7082 und Bisindolylmaleimid I schließlich zielen auf NF-κB bzw. PKC ab, die beide an der Regulierung und den Signalwegen beteiligt sind, die für die ordnungsgemäße Funktion des STRIPAK-Komplexes und damit von FAM40A wesentlich sind. Durch die Ausrichtung auf diese Moleküle wird die Funktion von FAM40A indirekt gehemmt, indem die nachgeschalteten Signalwege und zellulären Prozesse gestört werden, die von der Aktivität von FAM40A innerhalb des STRIPAK-Komplexes abhängen.
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