ATHL1 kann über eine Reihe von intrazellulären Signalwegen seine Phosphorylierung und anschließende Aktivierung fördern. Forskolin erhöht direkt den cAMP-Spiegel in den Zellen, was die Proteinkinase A (PKA) aktivieren kann. Es ist bekannt, dass die PKA Serin- und Threoninreste auf ihren Zielproteinen phosphoryliert, und wenn ATHL1 solche Reste enthält, die von der PKA erkannt werden, kann Forskolin zu seiner Aktivierung führen. In ähnlicher Weise wirkt Isoproterenol als beta-adrenerger Agonist, der ebenfalls den cAMP-Spiegel erhöht und die PKA aktiviert, die dann auf ATHL1 wirken kann. IBMX hemmt Phosphodiesterasen und verhindert so den Abbau von cAMP und hält indirekt die PKA-Aktivität aufrecht, die wiederum ATHL1 aktivieren könnte. Auf einem anderen Weg aktiviert Phorbol 12-Myristat 13-Acetat (PMA) die Proteinkinase C (PKC), die ATHL1 phosphorylieren kann, wenn es PKC-spezifische Phosphorylierungsstellen aufweist. Bisindolylmaleimid I ist zwar in erster Linie ein PKC-Inhibitor, kann aber unter bestimmten Bedingungen auch PKC aktivieren, die wiederum auf ATHL1 einwirken kann.
Der epidermale Wachstumsfaktor (EGF) stimuliert seinen Rezeptor, was zu einer Phosphorylierungskaskade über den MAPK/ERK-Signalweg führt, die ATHL1 als nachgeschaltetes Ziel einschließen kann. Ionomycin erhöht die intrazellulären Kalziumkonzentrationen und kann Kalzium/Calmodulin-abhängige Proteinkinasen (CaMKs) aktivieren, die ATHL1 phosphorylieren könnten, wenn es ein Substrat für diese Kinasen ist. Anisomycin hemmt die Proteinsynthese und aktiviert dadurch indirekt stressaktivierte Proteinkinasen wie JNK, die sich ebenfalls gegen ATHL1 richten können. Calyculin A und Okadainsäure hemmen beide die Proteinphosphatasen PP1 und PP2A, was zu einem allgemeinen Anstieg der Proteinphosphorylierung in der Zelle führt; wenn ATHL1 normalerweise durch diese Phosphatasen dephosphoryliert wird, können diese Inhibitoren zu seiner Aktivierung führen, indem sie seinen phosphorylierten Zustand aufrechterhalten. Schließlich können Spermin und Wasserstoffperoxid ATHL1 durch Modulation der NMDA-Rezeptoraktivität bzw. der Signalübertragung durch oxidativen Stress beeinflussen, was zur Aktivierung verschiedener Kinasen führen kann, die auf ATHL1 abzielen können.
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