ZNF202の化学的阻害剤は、DNA結合に必須なジンクフィンガードメインを主な標的として、様々なメカニズムでその機能を阻害する。例えば2-メルカプトエタノールは、これらのドメイン内のジスルフィド結合を阻害し、ZNF202がDNAと相互作用する能力を阻害する構造変化を引き起こす。同様に、1,10-フェナントロリンとPDTCは亜鉛イオンをキレートすることで作用し、ZNF202のDNA結合コンフォメーションの維持に必要な構造的補因子を奪う。より選択的なキレーターであるTPENもまた亜鉛イオンを隔離し、この欠乏はZNF202の重要なジンクフィンガーモチーフを不安定化させることにより、ZNF202の機能阻害をもたらす。
ZNF202の亜鉛フィンガーをさらに破壊するクロトリマゾールやエブセレンのような化合物は、タンパク質の亜鉛フィンガードメインに直接結合することによって阻害効果を発揮する。クロトリマゾールはタンパク質のコンフォメーションを変化させ、DNAとの相互作用を阻害し、エブセレンはシステイン残基との相互作用によってジンクフィンガードメインの構造的完全性を変化させる可能性がある。ジエチルジチオカルバメートも同様の亜鉛キレート化の経路をたどり、ZNF202の機能に重要な金属イオンを切り離す。3,5-ジブロモ-4-ヒドロキシベンズアルデヒドによるZNF202内のシステイン残基の共有結合修飾は、そのDNA結合活性を破壊する。オーリントリカルボン酸は、核酸とZNF202の相互作用を阻害し、それによってタンパク質が標的DNA配列に結合するのを妨げるので、際立っている。クリオキノールとピリチオン亜鉛による阻害もまた、亜鉛をキレートする能力に起因しているが、亜鉛のホメオスタシスにも影響を及ぼし、ZNF202のジンクフィンガードメインの構造的能力に影響を及ぼす可能性がある。最後に、フェニルアルシンオキシドは近傍のチオールに結合し、ZNF202のジンクフィンガー内の亜鉛のチオレート配位を乱し、機能阻害につながると考えられる。
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