ZCCHC9の活性化は、特定のシグナル伝達経路や細胞内プロセスに相互作用する様々な化学物質の影響を受ける。アデニルシクラーゼ活性化剤やホスホジエステラーゼ阻害剤など、細胞内のcAMPレベルを上昇させる化合物は、cAMP依存性プロテインキナーゼA(PKA)の活性を高めることによって、極めて重要な役割を果たす。その結果、転写因子CREBが活性化され、ZCCHC9の発現と機能的活性がアップレギュレートされる。さらに、分解されにくいcAMPアナログを使用すると、この活性化がさらに持続する。さらに、ある種のホルボールエステルを介したプロテインキナーゼC(PKC)の活性化も、ZCCHC9活性を高める可能性のあるシグナル伝達経路を調節することができる。これらのメカニズムは、イオノフォアやキレート剤による細胞内カルシウムレベルの調節とともに、ZCCHC9の動的調節に寄与しており、カルシウム依存性シグナル伝達は、ZCCHC9の活性化を達成することができるもう一つの手段である。
さらに、細胞のイオン恒常性の調節とZCCHC9自体の構造的完全性は、他の薬剤によっても促進される。イオンチャネル活性に影響を与えるある種のポリアミンは、間接的にZCCHC9の機能状態に影響を与える可能性がある。ZCCHC9のジンクフィンガードメインにおける亜鉛の構造的役割を考慮すると、亜鉛イオンの供給も極めて重要であり、亜鉛イオンを供給する化合物は、タンパク質の適切なコンフォメーションと活性を保証することができる。最後に、リソソーム機能に影響を与える薬剤による細胞コンパートメントのpHと酵素活性の変化は、ZCCHC9の局在とその後の活性に影響を与える可能性がある。
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