Chemische Aktivatoren von Trak1 nutzen eine Reihe von zellulären Mechanismen, um seine Aktivität zu beeinflussen. Bisindolylmaleimid I, ein spezifischer Inhibitor der Proteinkinase C (PKC), aktiviert Trak1 indirekt, indem es die PKC-vermittelte Phosphorylierung verringert, so dass Trak1 einen aktiven Zustand beibehalten kann, der seiner Rolle im mitochondrialen Trafficking förderlich ist. Forskolin führt durch seine Aktivierung der Adenylatzyklase zu einem Anstieg des cAMP-Spiegels, der wiederum die Proteinkinase A (PKA) aktiviert. Die aktivierte PKA phosphoryliert Trak1, wodurch seine Interaktionen mit Motorproteinen und damit seine Trafficking-Funktion verstärkt werden. In ähnlicher Weise aktiviert auch Dibutyryl-cAMP, ein cAMP-Analogon, die PKA, die dann Trak1 phosphoryliert und aktiviert, wodurch dessen Rolle bei intrazellulären Transportprozessen erleichtert wird.
Ionomycin erhöht das intrazelluläre Kalzium, wodurch die Kalzium/Calmodulin-abhängige Proteinkinase (CaMK) aktiviert wird, die Trak1 phosphorylieren kann und damit dessen Aktivität im Zusammenhang mit dem axonalen Transport fördert. Phorbol 12-Myristat 13-Acetat (PMA) stimuliert direkt PKC, die Trak1 phosphoryliert und aktiviert, wodurch der mitochondriale Transport gefördert wird. Okadainsäure und Calyculin A, beides Inhibitoren der Proteinphosphatasen PP1 und PP2A, führen zu einem generellen Anstieg der Proteinphosphorylierung, was sich möglicherweise auf Trak1 auswirkt und somit dessen Rolle beim Organellen-Transport moduliert. Anisomycin, das JNK aktiviert, kann Trak1 phosphorylieren und dadurch seine Funktion bei zellulären Stressreaktionen beeinflussen. Epigallocatechingallat (EGCG) hemmt Phosphodiesterasen, was zu einem Anstieg von cAMP führt, das wiederum PKA aktiviert, was wiederum zur Phosphorylierung und Aktivierung von Trak1 führt. Chelerythrin hemmt PKC und verändert dadurch die Phosphorylierungsmuster, die Trak1 aktivieren können. Spermin-NONOat schließlich setzt Stickstoffmonoxid frei, das die Guanylylzyklase aktiviert und den cGMP-Spiegel erhöht, der wiederum PKG aktiviert, eine weitere Kinase, die Trak1 phosphorylieren und damit dessen Aktivität beeinflussen kann.
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