Gli inibitori chimici di TFIIIC35 agiscono attraverso diversi meccanismi per inibire la sua funzione nel complesso di iniziazione della trascrizione. La plumbagina può intercalarsi nel DNA, interrompendo l'attività di legame al DNA di TFIIIC35, essenziale per il suo ruolo nell'iniziazione della trascrizione. Anche l'actinomicina D ha come bersaglio il DNA, ma lo fa legandosi direttamente al sito di iniziazione della trascrizione, bloccando così l'accesso di TFIIIC35 alle regioni di legame necessarie sul filamento di DNA. Analogamente, la mitramicina A si lega al DNA in sequenze ricche di GC, che potrebbero alterare la struttura del DNA in modo tale da impedire la funzione di TFIIIC35. Il mitoxantrone e l'etoposide esercitano la loro azione inibitoria intercalando il DNA e inibendo la topoisomerasi II, rispettivamente, portando a rotture del DNA e a una conseguente riduzione della disponibilità di modelli di DNA intatti che TFIIIC35 richiede per avviare la trascrizione.
Altri inibitori influenzano TFIIIC35 prendendo di mira il macchinario di trascrizione o processi correlati. α-Amanitina ostacola la RNA polimerasi II, influenzando indirettamente TFIIIC35 attraverso la riduzione della trascrizione di geni necessari per la sua funzione. DRB inibisce la fosforilazione dell'RNA polimerasi II, essenziale per la transizione dall'iniziazione all'allungamento della trascrizione, influenzando così indirettamente il ruolo di TFIIIC35 nei complessi di trascrizione. Il triptolide, pur non essendo così diretto, compromette il legame di TFIIIC35 al DNA, inibendo la funzione complessiva del fattore di trascrizione. L'ICRF-193 agisce stabilizzando la forma chiusa della topoisomerasi II, riducendo la disponibilità di DNA rilassato, necessario a TFIIIC35 per formare i complessi di iniziazione. La tricostatina A inibisce le istone deacetilasi, determinando una struttura cromatinica più aperta che può disturbare la normale funzione di TFIIIC35. Infine, la clorochina altera TFIIIC35 modificando il pH degli organelli intracellulari e interferendo con le vie di degradazione delle proteine, il che può portare a un'alterata localizzazione di TFIIIC35, inibendo in ultima analisi la sua funzione nell'iniziazione della trascrizione.
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