シンタキシン11活性化因子は主に、シンタキシン11の活性に影響を与える細胞内シグナルとプロセスを調節することによって機能する。これらの活性化因子の多くは、シンタキシン11の重要な役割である小胞の輸送と融合に影響を与える経路に関与している。
例えば、タプシガルギン、ニフェジピン、BAPTA-AMはすべてカルシウムレベルを調節し、カルシウム依存性エキソサイトーシスにおけるシンタキシン11の役割に影響を与えることが知られている。これらの活性化因子のもう一つの共通したメカニズムは、キナーゼ活性の調節である。フォルスコリン、PMA、スタウロスポリン、そしてPI3K阻害剤であるWortmanninとLY294002はすべて、プロテインキナーゼへの作用を通してシンタキシン11の活性に影響を与える。これらのキナーゼはシンタキシン11やエキソサイトーシスに関与する他のタンパク質をリン酸化し、シンタキシン11活性に影響を与える。さらに、1-ブタノールや塩化カルミダゾリウムのような活性化剤は、エキソサイトーシス過程の他の重要な構成要素である脂質シグナル伝達やカルモジュリン活性をそれぞれ調節することによって、シンタキシン11活性に影響を与える。
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