Os inibidores químicos do Scratch2 podem atingir a inibição funcional através de várias vias celulares e bioquímicas. A alsterpaulona tem como alvo as cinases dependentes da ciclina (CDK), prejudicando os sinais de progressão do ciclo celular que podem ativar o Scratch2, levando assim à sua reduzida atividade. Do mesmo modo, o Ro-31-8220, ao inibir a proteína quinase C (PKC), pode diminuir o nível de fosforilação do Scratch2, que é frequentemente um pré-requisito para a sua atividade transcricional. O Go6976, outro inibidor da PKC, inibe mais especificamente a PKCα, que pode fosforilar factores de transcrição, resultando numa diminuição da atividade do Scratch2 devido à falta da fosforilação necessária. O LY294002, ao inibir a sinalização PI3K/Akt, leva à redução da atividade do Scratch2, uma vez que esta via está envolvida na regulação de vários factores de transcrição. O SB203580 e o PD98059 obstruem a via da MAPK em diferentes pontos; o SB203580 inibe a p38 MAPK e o PD98059 tem como alvo a MEK, podendo ambos regular a atividade do Scratch2 através da fosforilação.
Na segunda parte do espetro de inibição, o SP600125, um inibidor da c-Jun N-terminal kinase (JNK), pode reduzir a atividade do Scratch2 impedindo a fosforilação de factores de transcrição, que a JNK pode mediar. A inibição da ROCK pelo Y-27632, que desempenha um papel na regulação dos factores de transcrição, pode levar à redução da atividade do Scratch2. A inibição da fosfoinositídeo 3-quinases pela Wortmannin também reduz a atividade do Scratch2, impedindo os sinais de ativação que podem regular a funcionalidade dos factores de transcrição. O U0126, ao inibir a MEK1/2, diminui a atividade do Scratch2 ao interromper a via da ERK, que é conhecida pelo seu papel regulador na ativação dos factores de transcrição. O KN-93 inibe especificamente a CaMKII, que pode afetar a atividade dos factores de transcrição, levando assim a uma diminuição da atividade do Scratch2. Por último, o GF109203X tem como alvo as isoformas da proteína quinase C, que, após inibição, podem levar a uma redução da atividade do Scratch2 devido à diminuição da fosforilação dos factores de transcrição que a PKC normalmente medeia.
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