Los inhibidores químicos de SART3 pueden alterar su función en el empalme del ARN dirigiéndose a varias quinasas que intervienen en la regulación del ciclo celular y el procesamiento del ARN. Por ejemplo, se sabe que la alsterpaullona inhibe las quinasas dependientes de ciclinas (CDK), que son cruciales para la regulación del ciclo celular. Dado que las CDK también pueden regular los factores de procesamiento del ARN, la inhibición por alsterpaullona puede conducir a una reducción de la actividad de SART3 en el empalme del ARN. De forma similar, la roscovitina y el flavopiridol, ambos potentes inhibidores de las CDK, pueden interferir con los reguladores transcripcionales y la ARN polimerasa II, inhibiendo aún más la función de splicing de SART3. La indirrubina-3'-monoxima y la olomoucina, que también se dirigen a las CDK, pueden afectar al estado de fosforilación de las proteínas implicadas en el procesamiento del ARN, obstaculizando así la función de SART3 en el ensamblaje del spliceosoma.
Paralelamente, la bisindolilmaleimida I y el Ro-31-8220 inhiben la proteína quinasa C (PKC), implicada en las vías de señalización que regulan el procesamiento del ARN. La inhibición de la PKC por estas sustancias químicas altera estas vías y puede disminuir la actividad de SART3 en el empalme del ARN. El H-7, que inhibe no sólo la PKC sino también otras quinasas como la PKA y la PKG, puede conducir a resultados similares. Otros inhibidores químicos como el SP600125, que se dirige a la c-Jun N-terminal quinasa (JNK), pueden afectar indirectamente a los factores de empalme del ARN y, por tanto, impedir la función de SART3. Además, la 5-Iodotubercidina inhibe la adenosina quinasa, que puede influir en las enzimas de procesamiento del ARN debido a cambios en los niveles celulares de adenosina, afectando posteriormente a la función de SART3 en el ensamblaje del espliceosoma. Por último, el K252a, aunque estudiado principalmente en el contexto de los receptores de neurotrofinas, puede influir en vías más amplias de la quinasa y por lo tanto tener un impacto en el empalme de ARN, afectando la función de SART3. Cada uno de estos inhibidores, a través de sus respectivos objetivos, puede contribuir a la reducción de la actividad de SART3 en el proceso de empalme de ARN.
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