La fase inicial del descubrimiento de activadores de PRAMEF23 implicaría estudios detallados de la estructura y la función de la proteína. Si se resolviera la estructura tridimensional de la proteína, se conocerían los posibles sitios de unión a los que podrían dirigirse pequeñas moléculas para modular su actividad. Para dilucidar la estructura de la proteína podrían utilizarse técnicas como la cristalografía de rayos X, la criomicroscopía electrónica o la espectroscopia de RMN. Los ensayos bioquímicos y biofísicos ayudarían a comprender las interacciones de PRAMEF23 en el medio celular, incluido su papel en la regulación de la expresión génica y cualquier otro proceso biológico en el que pueda estar implicada. Estos conocimientos básicos son fundamentales para el diseño racional de moléculas activadoras que puedan dirigirse específicamente a PRAMEF23 y modular su función.
Tras la identificación de los sitios de unión putativos, normalmente se emplearía un proceso de cribado para identificar los compuestos iniciales que podrían servir como activadores de PRAMEF23. Este cribado de alto rendimiento consistiría en probar bibliotecas de compuestos químicos para determinar su capacidad de unirse a PRAMEF23 y activarlo. Los resultados de estos cribados se someterían a un proceso de optimización, en el que la estructura química de los compuestos se modificaría sistemáticamente para mejorar su actividad, selectividad y propiedades celulares. Los químicos medicinales emplearían diversas estrategias, como los estudios de relación estructura-actividad (SAR), para refinar estas moléculas. El objetivo de este proceso iterativo de optimización es desarrollar una serie de compuestos que sean eficaces para modular la actividad del PRAMEF23. Tales compuestos constituirían valiosas herramientas de investigación, que permitirían profundizar en el estudio de la función biológica de PRAMEF23 y aportarían conocimientos sobre los mecanismos moleculares en los que puede influir.
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