Os inibidores da MS4A6E englobam uma gama de compostos que afectam indiretamente a atividade da MS4A6E através de vários mecanismos bioquímicos e celulares. Por exemplo, compostos como o galato de epigalocatequina (EGCG) e a curcumina exercem os seus efeitos inibitórios através da modulação da via de sinalização NF-κB, um conhecido regulador da expressão genética, incluindo a do MS4A6E. Ao inibir esta via, estes compostos podem reduzir a transcrição do MS4A6E e os níveis proteicos subsequentes.
Outra abordagem para inibir o MS4A6E é afetar a sinalização e o estado energético da célula. Compostos como o LY294002, a rapamicina e a niclosamida perturbam as vias de sinalização intracelular cruciais (PI3K/AKT, mTOR) e os processos de produção de energia (fosforilação oxidativa), respetivamente. A perturbação destas vias pode levar a uma diminuição da atividade funcional global do MS4A6E, alterando as condições celulares necessárias para o seu funcionamento ótimo.
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