Os inibidores químicos do MIPEP exercem os seus efeitos inibitórios através de vários mecanismos que afectam o contexto mitocondrial da proteína e a sua atividade catalítica dependente de ATP. A oligomicina A, por exemplo, tem como alvo a ATP sintase mitocondrial, reduzindo substancialmente a reserva de ATP de que o MIPEP depende para a sua função. Do mesmo modo, a antimicina A e a rotenona perturbam a cadeia de transporte de electrões mitocondrial nos complexos III e I, respetivamente, levando a uma diminuição da produção de ATP, que é essencial para a atividade do MIPEP. A inibição da citocromo c oxidase no complexo IV pela azida sódica diminui ainda mais a síntese de ATP, pondo em causa as operações dependentes de energia do MIPEP. O CCCP, actuando como um desacoplador, dissolve o gradiente de protões através da membrana mitocondrial, outro golpe para a produção de ATP e, por extensão, para a atividade do MIPEP.
Os compostos que interferem com os iões metálicos cruciais para a estrutura e função do MIPEP também desempenham um papel na sua inibição. O cloreto de zinco pode inibir diretamente o MIPEP ao competir com os iões metálicos necessários para o seu domínio de metaloprotease. De forma semelhante, o cloreto de cádmio pode deslocar estes metais essenciais, obstruindo os processos enzimáticos do MIPEP. A 2-Tenoiltrifluoroacetona quelata os iões Mg2+, o que poderia incapacitar a ação enzimática dependente de metais do MIPEP. As amplas acções da carboxina e do alopurinol, através dos seus efeitos sobre a succinato desidrogenase e a xantina oxidase, respetivamente, conduzem a uma supressão indireta do MIPEP, alterando a função mitocondrial e a disponibilidade de ATP. A ligação da tetraciclina ao cálcio pode ter um impacto indireto no MIPEP ao perturbar a homeostase do cálcio mitocondrial. A auranofina, ao visar a tioredoxina redutase, pode induzir uma alteração do estado redox nas mitocôndrias, uma condição que é suscetível de inibir a função adequada das proteínas mitocondriais, como o MIPEP.
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