MBD3L3阻害剤は、主にDNAのメチル化状態を変化させることによって作用する多様な化合物群であり、MBD3L3の結合と機能に必須である。MBD3L3はメチルCpG結合ドメインファミリーのメンバーであり、メチル化DNAを認識して結合する。この相互作用は、クロマチン組織化と遺伝子発現制御における役割にとって極めて重要である。5-アザシチジンやゼブラリンのような阻害剤は、複製中にDNAに取り込まれ、それぞれDNAメチル化酵素を捕捉し、DNAメチル化レベルの低下につながる。その結果、メチル化されたDNAと結合するMBD3L3の能力が低下し、その機能が阻害される。
RG108やゲニステインのような他の阻害剤は、DNAメチル化酵素を直接標的とし、DNAにメチル基を付加するのを阻害する。このDNAの低メチル化により、MBD3L3のDNAに対する結合親和性が低下し、機能的活性が阻害される。S-アデノシルホモシステインのような化合物はホモシステインのレベルを上昇させ、S-アデノシルメチオニンと競合してメチル化プロセスを妨げ、間接的にMBD3L3の作用を低下させる。SNAPのような一酸化窒素供与体やカフェインのようなホスホジエステラーゼ阻害剤は、DNAメチル化機構に影響を与える細胞内シグナル伝達経路を調節し、MBD3L3の結合を助長しない環境に導く可能性がある。
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