Les inhibiteurs chimiques de Ly-49H agissent en ciblant diverses voies de signalisation et enzymes essentielles à l'activation et à la fonction de cette protéine réceptrice des cellules tueuses naturelles (NK). Par exemple, la ciclosporine A perturbe la réponse immunitaire dans laquelle Ly-49H est impliquée en inhibant la calcineurine, une phosphatase essentielle à l'activation des cellules T, ce qui conduit indirectement à l'inhibition des rôles régulateurs de Ly-49H. De même, le dasatinib et la PP2 ciblent les kinases de la famille Src, qui sont des molécules de signalisation clés dans les voies qui activent Ly-49H. En inhibant ces kinases, le dasatinib et le PP2 perturbent la transduction du signal essentielle à la fonction de Ly-49H dans les cellules NK. Le LY294002 et la Wortmannine, tous deux inhibiteurs de la phosphoinositide 3-kinase (PI3K), bloquent les voies dépendant de la PI3K qui contribuent à l'activation de Ly-49H, inhibant ainsi son rôle dans la cytotoxicité des cellules NK.
Les inhibiteurs de la voie MAPK, PD 98059 et U0126, inhibent la voie de signalisation MAPK/ERK qui est impliquée dans les fonctions régulatrices des cellules NK où Ly-49H joue un rôle, conduisant à son inhibition fonctionnelle. SB203580 et SP600125 inhibent respectivement la MAP kinase p38 et la kinase c-Jun N-terminale (JNK), toutes deux impliquées dans l'activation des cellules NK. En bloquant ces kinases, SB203580 et SP600125 conduisent à l'inhibition fonctionnelle de Ly-49H en limitant ses signaux d'activation. Le BAY 11-7082 cible la signalisation NF-kB, qui joue un rôle important dans la régulation des gènes de la réponse immunitaire. Son inhibition entraîne une altération des voies de signalisation nécessaires à la fonction de Ly-49H. Enfin, le chlorure de chélérythrine et le Go 6983 inhibent la protéine kinase C (PKC), qui est impliquée dans la régulation de la fonction des cellules NK. L'inhibition de la PKC par ces substances chimiques entraîne la perturbation des voies de signalisation essentielles à l'activité de la Ly-49H, ce qui entraîne son inhibition fonctionnelle dans les cellules NK.
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