La forskolina, un diterpeno, eleva las concentraciones intracelulares de AMP cíclico (AMPc) mediante la activación de la adenilil ciclasa, allanando el camino para una mayor actividad de la proteína cinasa A (PKA). La PKA, a su vez, puede fosforilar una miríada de proteínas, alterando potencialmente su función y regulación. La ionomicina, un ionóforo, eleva los niveles de calcio intracelular, lo que puede desencadenar la activación de las quinasas dependientes de la calmodulina, que influyen en las proteínas sensibles a la señalización del calcio. Los ésteres de forbol, como el PMA, son potentes activadores de la proteína cinasa C (PKC), cuyos miembros fosforilan una amplia gama de sustratos, modificando así su actividad. Inhibidores como SB203580 y U0126 se dirigen selectivamente a quinasas como p38 MAPK y MEK, respectivamente. Estos inhibidores pueden afectar indirectamente a la actividad de las proteínas al impedir su fosforilación, alterando así las vías de señalización en las que participan.
Los inhibidores de PI3K, LY294002 y Wortmannin, demuestran cómo la inhibición de las moléculas de señalización ascendentes puede provocar alteraciones en la actividad de las proteínas descendentes. Al inhibir la PI3K, estos compuestos modulan indirectamente la vía PI3K/AKT, un eje de señalización fundamental implicado en la regulación de numerosas proteínas. La inhibición de mTOR por la rapamicina ejemplifica la importancia de las quinasas reguladoras clave en el control de la síntesis y la actividad de las proteínas. Este compuesto, al inhibir mTOR, puede afectar a la vía de señalización mTOR, influyendo así en la actividad de las proteínas. Pequeñas moléculas como el 2-APB modulan la liberación intracelular de calcio, lo que, al igual que la ionomicina, puede tener un profundo efecto sobre las proteínas asociadas a la señalización del calcio.
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