Os inibidores da HELZ, como o Seliciclib e o MG132, têm como alvo o ciclo celular e a degradação proteasómica, respetivamente, levando a uma alteração da estabilidade e abundância das proteínas, que pode ter efeitos a jusante na função das proteínas e nos mecanismos de regulação celular. Os inibidores da modificação do ADN e das histonas, como a 5-azacitidina e o vorinostato, podem levar a alterações da expressão genética através da alteração das marcas epigenéticas, o que pode resultar numa síntese proteica modificada. O seu impacto é amplo, influenciando numerosas proteínas e vias celulares. Os inibidores da quinase, incluindo o LY294002, o galato de epigalocatequina e o SP600125, interrompem as principais vias reguladoras que podem levar a alterações na atividade e nos níveis de muitas proteínas. Especificamente, o LY294002 e o SP600125 têm como alvo as vias PI3K/Akt e JNK, respetivamente, que são cruciais para a sobrevivência celular e a apoptose.
A rapamicina, um inibidor da mTOR, suprime especificamente o complexo mTORC1, resultando numa diminuição da síntese proteica e afectando as proteínas envolvidas no crescimento e no metabolismo. O bortezomib, outro inibidor do proteassoma como o MG132, impede a degradação das proteínas, afectando assim as proteínas que regulam o ciclo celular e a apoptose. A Nutlin-3, ao antagonizar o MDM2, estabiliza e ativa indiretamente o p53, influenciando as proteínas da via do p53, que é fundamental para a resposta celular ao stress e aos danos no ADN.
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