Les activateurs chimiques de HDDC2 peuvent engager diverses voies de signalisation intracellulaires pour faciliter son activation. La forskoline, par exemple, stimule directement l'adénylyl cyclase, augmentant ainsi les niveaux d'AMP cyclique (AMPc) dans la cellule. L'AMPc élevé active à son tour la protéine kinase A (PKA), une kinase qui peut phosphoryler HDDC2, ce qui entraîne son activation. De même, le 8-bromoadénosine 3',5'-cyclique monophosphate (8-Br-cAMP) et le Dibutyryl-cAMP (db-cAMP) sont des analogues de l'AMPc qui traversent la membrane cellulaire et activent la PKA, qui peut également phosphoryler et activer HDDC2. Le phorbol 12-myristate 13-acétate (PMA) active la protéine kinase C (PKC), une kinase connue pour phosphoryler une multitude de protéines, et cette cascade d'activation peut conduire à la phosphorylation et à l'activation ultérieure de HDDC2. La chélérythrine, qui est généralement un inhibiteur de la PKC, peut paradoxalement provoquer l'activation de kinases alternatives capables d'activer HDDC2 par phosphorylation.
L'Ionomycine et l'A23187 fonctionnent comme des ionophores qui élèvent les niveaux de calcium intracellulaire, activant ainsi les protéines kinases calcium-dépendantes capables de phosphoryler HDDC2. L'augmentation du calcium intracellulaire peut également être induite par la thapsigargin, un inhibiteur de la pompe SERCA, qui entraîne une augmentation du calcium cytosolique et l'activation subséquente des kinases dépendantes du calcium qui peuvent phosphoryler HDDC2. L'acide okadaïque et la caliculine A, tous deux inhibiteurs des protéines phosphatases PP1 et PP2A, peuvent favoriser indirectement l'activation de HDDC2 en empêchant la déphosphorylation des protéines, dont HDDC2 lui-même, ce qui entraîne une augmentation globale de son état phosphorylé et actif. L'anisomycine active les protéines kinases activées par le stress (SAPK), qui ont le potentiel de phosphoryler et d'activer HDDC2. Enfin, le fluorure d'aluminium imite le groupe phosphate et peut activer les protéines G, qui peuvent alors activer les kinases en aval qui phosphorylent HDDC2, favorisant ainsi son activation. Chacun de ces produits chimiques facilite une voie unique qui aboutit à l'activation fonctionnelle de HDDC2 en modifiant son état de phosphorylation.
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