Gli inibitori chimici di FBXO16 possono ostacolare la sua funzione nel sistema ubiquitina-proteasoma (UPS), una via cellulare responsabile della degradazione di proteine mal ripiegate, danneggiate o regolatorie. Gli inibitori del proteasoma come MG132, Bortezomib, Epoxomicina, Lattacistina, MLN2238 (Ixazomib), Carfilzomib, Delanzomib, Marizomib, Oprozomib, Withaferin A e Celastrol interrompono questo meccanismo di degradazione delle proteine. FBXO16, come parte di un complesso di E3 ubiquitina ligasi, etichetta le proteine con molecole di ubiquitina, segnalandole per la degradazione da parte del proteasoma. Inibendo il proteasoma, queste sostanze chimiche possono causare un accumulo di proteine che FBXO16 normalmente marcherebbe per la degradazione. Questo accumulo può saturare l'UPS e compromettere il turnover delle proteine, portando a un'inibizione funzionale di FBXO16. L'accumulo di proteine ubiquitinate dovuto all'inibizione del proteasoma può anche inibire a posteriori l'attività di FBXO16, ostacolando il suo accesso ai substrati o alterando il suo stato regolatorio.
Inoltre, anche PR-619, un inibitore della deubiquitinasi ad ampio spettro, può modulare l'attività di FBXO16. Le deubiquitinasi sono enzimi che rimuovono le molecole di ubiquitina dalle proteine, spesso salvandole dalla degradazione. Inibendo le deubiquitinasi, PR-619 può portare a un accumulo anomalo di proteine ubiquitinate. Questa ubiquitinazione aberrante può, a sua volta, ostacolare la normale funzione di FBXO16, sia alterando direttamente i suoi substrati sia interrompendo l'equilibrio finemente regolato di ubiquitinazione e deubiquitinazione su cui FBXO16 si basa per svolgere il suo ruolo nel turnover delle proteine. Di conseguenza, l'inibizione delle deubiquitinasi può inibire indirettamente la funzione di FBXO16 impedendogli di marcare efficacemente le proteine per la degradazione, inibendo così funzionalmente il ruolo della proteina nell'UPS.
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