FAM46Aの化学的阻害剤は、タンパク質の安定性と機能に不可欠な様々な細胞内シグナル伝達経路とキナーゼ活性に介入することにより、タンパク質の機能に影響を与えることができる。Staurosporineは広範囲のプロテインキナーゼを阻害し、細胞内でのFAM46Aの安定性に影響を与え、機能阻害につながる。同様に、PI3K阻害剤であるWortmanninとLY294002は、FAM46Aの活性に必要な翻訳後修飾に重要なリン酸化事象を阻止する。U0126によるMEK1/2の阻害とPD98059によるMEKの遮断は、FAM46Aの安定化と機能に関与している可能性のあるERK経路を抑制し、それによってその活性を低下させることができる。SB203580によるp38 MAPキナーゼの阻害は、FAM46Aが関与している可能性のあるストレス応答シグナル伝達経路に影響を与える可能性があり、SP600125によるJNKの阻害は、細胞ストレスおよびアポトーシスにおけるFAM46AのMAPK経路制御を変化させる可能性がある。
ラパマイシンは、mTORを阻害することにより、細胞の中心的な成長プロセスを破壊し、間接的にFAM46Aの機能的活性を阻害する可能性がある。PP2はSrcファミリーキナーゼを標的とし、FAM46Aが細胞増殖と分化に果たす役割に必要な経路を制御し、タンパク質の活性を阻害する。AG490はJAK2の活性を阻害し、FAM46Aがその機能性のために依存するシグナル伝達経路を破壊する可能性がある。PD173074によるFGFRとVEGFRの阻害は、細胞の成長と生存におけるFAM46Aの機能と交差する経路を妨害する可能性がある。最後に、ダサチニブは広範なチロシンキナーゼ阻害剤として機能し、FAM46Aを含む様々なタンパク質のリン酸化状態を阻害し、リン酸化依存的な機能の変化を通じてその活性を阻害することができる。それぞれの化学物質は、異なるキナーゼや経路に対する特異的な作用を通して、FAM46Aが依存する細胞プロセスを変化させることにより、FAM46Aの機能阻害に寄与することができる。
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