O domínio dos activadores da ciclofilina E (PPIE) é constituído por substâncias químicas que podem ter uma influência indireta na função da proteína. Estes compostos são geralmente conhecidos pela sua capacidade de afetar várias vias de sinalização intracelular ou processos relacionados com proteínas, o que implica o seu envolvimento com a PPIE. Por exemplo, a modulação dos níveis intracelulares de AMPc pela forskolina está associada à dobragem e isomerização de proteínas, dois processos intimamente relacionados com a atividade da PPIE. Do mesmo modo, foi demonstrado que agentes como a rapamicina e a ciclosporina A se envolvem com outras ciclofilinas, sugerindo uma influência na PPIE.
Simultaneamente, o ambiente celular e o complexo labirinto de vias de sinalização constituem o pano de fundo em que estes produtos químicos actuam. Um composto como o tacrolimus que modula outras ciclofilinas pode indicar como as funções destas proteínas estão interligadas e como influenciar uma pode ter efeitos em cascata noutras, como a PPIE. Do mesmo modo, quando consideramos agentes como a ionomicina, que pode alterar a dinâmica do cálcio intracelular, vemos alterações nas actividades enzimáticas que podem ter efeitos na PPIE.
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