CIR活性化剤には、エピジェネティックマーカーを調節し、CIRの転写抑制活性に間接的に関連するシグナル伝達経路に影響を与えることができる一群の化合物が含まれる。これらの活性化剤は通常、ヒストンのアセチル化やメチル化の状態を変化させることによって機能し、それによってクロマチンの状態や、CIRがコアプレッサーとして働くノッチシグナルに関与する遺伝子の転写動態に影響を与える。
バルプロ酸、トリコスタチンA、SAHAのようなHDAC阻害剤のような化学的活性化因子は、ヒストンのアセチル化を増加させ、CIRのクロマチンへの結合親和性を低下させ、遺伝子転写に対する抑制作用を緩和させる可能性がある。クロマチンランドスケープがこのように変化することで、転写がより寛容な環境になる可能性がある。同様に、5-アザシチジンのようなDNAメチル化酵素阻害剤は、DNAの脱メチル化を引き起こすことによって、CIRが抑制されたクロマチン状態を維持する能力を破壊し、標的遺伝子の発現を促進する可能性がある。一方、DAPTのような低分子は、ノッチレセプターの切断を調節することにより、ノッチシグナル伝達経路のフラックスを変化させ、結果としてCIRとの相互作用を変化させる可能性がある。塩化リチウムのような化合物は、GSK-3を阻害し、βカテニンレベルを上昇させ、ノッチシグナル伝達に関連する遺伝子制御ネットワークに影響を与えることによって、間接的にCIRの活性に影響を与える可能性がある。
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