Os inibidores químicos da CCDC38 desempenham um papel crucial na modulação da função da proteína, visando vários elementos da rede citoesquelética, que é fundamental para a estrutura operacional da CCDC38. O WZ4003, um inibidor seletivo da quinase NUAK, perturba o tráfico e a estrutura celular, conduzindo à inibição funcional da CCDC38 ao alterar o ambiente celular de que esta necessita. Do mesmo modo, o ML141, ao inibir a CDC42 GTPase, provoca uma desorganização do citoesqueleto, que é essencial para a função da CCDC38. A blebbistatina, que tem como alvo a miosina II, e o Y-27632, um inibidor da quinase ROCK, prejudicam a dinâmica do citoesqueleto, o que, por sua vez, afecta a funcionalidade do CCDC38 ao perturbar a integridade estrutural de que este depende.
Afectando ainda mais a rede do citoesqueleto, o SMIFH2 inibe a montagem da actina mediada pela formin, que é necessária para o papel do CCDC38 na manutenção da organização do citoesqueleto. O complexo Arp2/3, responsável pela ramificação dos filamentos de actina, é alvo do inibidor CK-666, levando a alterações do citoesqueleto que impedem a função do CCDC38. O BMS-5, que inibe a quinase LIM, perturba a dinâmica do filamento de actina, crítica para o CCDC38, enquanto o LDN-193189 bloqueia os receptores BMP tipo I, afectando as vias que modulam indiretamente a atividade do CCDC38. A inibição da quinase PAK pelo PF-3758309 altera a arquitetura do citoesqueleto, afectando o CCDC38. Além disso, o STLC perturba a dinâmica do fuso mitótico, afectando indiretamente o CCDC38, que pode estar envolvido nestes processos celulares. O marimastat afecta o CCDC38 ao alterar a remodelação da matriz extracelular e os mecanismos de adesão celular. Por último, o GSK269962A, ao inibir a Rho-quinase, afecta a infraestrutura celular e, por conseguinte, tem impacto nas funções associadas ao CCDC38. Cada substância química, através do seu alvo específico na rede citoesquelética, contribui para a inibição funcional do CCDC38.
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