Les inhibiteurs chimiques du CCDC139 ciblent diverses kinases et voies de signalisation essentielles à l'activité de la protéine. La staurosporine est un inhibiteur puissant qui peut perturber l'activité d'un large éventail de protéines kinases, qui peuvent être nécessaires à la phosphorylation et à l'activation subséquente du CCDC139. En inhibant ces kinases, la staurosporine garantit que le CCDC139 reste dans un état inactif. De même, le Bisindolylmaleimide I inhibe spécifiquement la protéine kinase C, connue pour phosphoryler des substrats qui pourraient inclure le CCDC139, ce qui entraîne une diminution de l'activité du CCDC139. L'émodine agit sur les tyrosines kinases et peut empêcher la phosphorylation du CCDC139, le maintenant ainsi dans une forme inactive. Le PD 98059 et l'U0126 inhibent tous deux spécifiquement la MEK, une kinase en amont de la voie MAPK. La voie MAPK étant impliquée dans la régulation de diverses fonctions cellulaires, son inhibition par le PD 98059 et l'U0126 peut entraîner une réduction de la phosphorylation et de l'activité du CCDC139 s'il s'agit d'une cible en aval.
Le deuxième groupe d'inhibiteurs comprend le SB203580, qui cible la MAPK p38. Si p38 MAPK joue un rôle dans la modification de CCDC139, l'inhibition par SB203580 peut supprimer l'activité de CCDC139. SP600125 inhibe JNK, un autre composant de la voie MAPK, ce qui peut également entraîner une réduction de l'activité de CCDC139 si JNK est impliqué dans la régulation de CCDC139. LY294002 et Wortmannin sont des inhibiteurs de PI3K, une kinase qui fait partie de la voie PI3K/AKT/mTOR, qui est souvent impliquée dans la croissance et la survie des cellules. L'inhibition de cette voie peut entraîner une diminution de l'activité du CCDC139 en raison de la perturbation de la signalisation en aval. La rapamycine cible directement la voie mTOR et peut supprimer l'activité du CCDC139 si ce dernier dépend de la signalisation mTOR pour fonctionner. La PP2 inhibe les tyrosines kinases de la famille Src, qui peuvent phosphoryler le CCDC139, ce qui entraîne une réduction de l'activité du CCDC139. Enfin, le Dasatinib, connu pour inhiber les kinases de la famille c-KIT et Src, peut diminuer l'activité du CCDC139 en empêchant la phosphorylation qui serait normalement médiée par ces kinases. Chacun de ces inhibiteurs peut perturber spécifiquement la phosphorylation, la signalisation ou l'activité kinase régulatrice qui est nécessaire au bon fonctionnement du CCDC139.
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