Los inhibidores químicos de C6orf35 pueden funcionar interrumpiendo varias vías de señalización que regulan la actividad de esta proteína. La estaurosporina es un inhibidor de quinasas de amplio espectro que puede inhibir la actividad de múltiples proteínas quinasas, que pueden estar implicadas en la fosforilación y posterior regulación de C6orf35. Al inhibir estas quinasas, la estaurosporina puede impedir la fosforilación necesaria para el correcto funcionamiento de C6orf35. De forma similar, la Bisindolilmaleimida I se dirige a la Proteína Quinasa C (PKC), y si la fosforilación mediada por la PKC es crucial para la actividad del C6orf35, este inhibidor puede suprimir su función. LY294002 y Wortmannin se dirigen a PI3K, otra quinasa que puede regular varias proteínas por vías de señalización. Si C6orf35 opera aguas abajo de PI3K, la inhibición por estos productos químicos puede resultar en la pérdida de su actividad funcional.
Otros inhibidores que se dirigen a componentes específicos de las vías de señalización celular son la rapamicina, que inhibe la vía mTOR, un regulador central del crecimiento y el metabolismo celular que podría estar aguas arriba del C6orf35. PD98059, U0126 y SB203580 son inhibidores selectivos de componentes de las vías MAPK; PD98059 y U0126 inhiben MEK1/2 mientras que SB203580 inhibe p38 MAPK. Si C6orf35 es activado por las vías MAPK/ERK o p38 MAPK, estos inhibidores pueden suprimir su activación. SP600125, que inhibe JNK, otra quinasa dentro de las vías MAPK activadas por estrés, también puede resultar en la inhibición de C6orf35 si está regulada por la señalización JNK. PP2, un inhibidor de las tirosina quinasas de la familia Src, puede alterar la regulación de C6orf35 si la fosforilación mediada por la quinasa Src está implicada en su regulación. Por último, Gefitinib y Lapatinib son inhibidores de tirosina quinasas asociadas a las vías EGFR y HER2; si C6orf35 depende de la señalización a través de estos receptores, la inhibición por estas sustancias químicas puede conducir a una reducción de la actividad de C6orf35. Cada uno de estos inhibidores puede interferir con el estado de fosforilación o las vías de señalización necesarias para la actividad funcional de C6orf35, provocando así su inhibición funcional.
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