Gli inibitori chimici di C6orf35 possono funzionare interrompendo varie vie di segnalazione che regolano l'attività di questa proteina. La staurosporina è un inibitore di chinasi ad ampio spettro in grado di inibire l'attività di più protein chinasi che possono essere coinvolte nella fosforilazione e nella successiva regolazione di C6orf35. Inibendo queste chinasi, Staurosporine può impedire la fosforilazione necessaria per il corretto funzionamento di C6orf35. Analogamente, la bisindolilmaleimide I ha come bersaglio la proteina chinasi C (PKC) e se la fosforilazione mediata da PKC è fondamentale per l'attività di C6orf35, questo inibitore può sopprimere la sua funzione. LY294002 e Wortmannin hanno entrambi come bersaglio la PI3K, un'altra chinasi che può regolare varie proteine attraverso vie di segnalazione. Se C6orf35 opera a valle di PI3K, l'inibizione da parte di queste sostanze chimiche può portare alla perdita della sua attività funzionale.
Altri inibitori che mirano a componenti specifici delle vie di segnalazione cellulare includono la Rapamicina, che inibisce la via mTOR, un regolatore centrale della crescita e del metabolismo cellulare che potrebbe essere a monte di C6orf35. PD98059, U0126 e SB203580 sono inibitori selettivi dei componenti delle vie MAPK; PD98059 e U0126 inibiscono MEK1/2 mentre SB203580 inibisce p38 MAPK. Se C6orf35 è attivato dalle vie MAPK/ERK o p38 MAPK, questi inibitori possono sopprimere la sua attivazione. Anche SP600125, che inibisce JNK, un'altra chinasi delle vie MAPK attivate dallo stress, può determinare l'inibizione di C6orf35 se è regolato dalla segnalazione di JNK. PP2, un inibitore delle tirosin-chinasi della famiglia Src, può interrompere la regolazione di C6orf35 se la fosforilazione mediata da Src-chinasi è coinvolta nella sua regolazione. Infine, Gefitinib e Lapatinib sono inibitori delle tirosin-chinasi associate alle vie EGFR e HER2; se C6orf35 dipende dalla segnalazione attraverso questi recettori, l'inibizione da parte di queste sostanze chimiche può portare a una riduzione dell'attività di C6orf35. Ognuno di questi inibitori può interferire con lo stato di fosforilazione o con le vie di segnalazione necessarie per l'attività funzionale di C6orf35, portando così alla sua inibizione funzionale.
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