Los inhibidores químicos del complejo THO subunidad 2-like pueden interferir en su función de varias maneras, principalmente impidiendo los procesos previos al procesamiento del ARNm. La afidicolina, por ejemplo, inhibe las ADN polimerasas alfa y delta, que son fundamentales para la replicación del ADN. Dado que la subunidad 2 del complejo THO está implicada en el procesamiento del ARNm, la prevención de la replicación del ADN limita indirectamente la capacidad de la proteína para desempeñar su función normal debido a la reducción de la biogénesis de los ARNm. De forma similar, la actinomicina D se une fuertemente al ADN y bloquea la progresión de la ARN polimerasa, deteniendo en consecuencia la síntesis de ARN. Esta acción se traduce en una disminución de los sustratos de ARN sobre los que normalmente actuaría la subunidad 2 del complejo THO. La alfa-amanitina se dirige específicamente a la ARN polimerasa II, la enzima responsable de sintetizar el ARNm, reduciendo así la disponibilidad de moléculas de ARNm para que las procese la subunidad 2 del complejo THO.
Otro grupo de inhibidores, como la camptotecina, el etopósido y la β-lapacona, ejercen sus efectos inhibidores dirigiéndose a las enzimas implicadas en el proceso de transcripción. La camptotecina y el etopósido inhiben las topoisomerasas I y II del ADN, respectivamente, lo que puede provocar daños en el ADN y el cese de la elongación de la transcripción. Esto disminuiría indirectamente el papel de la subunidad 2-like del complejo THO al reducir la transcripción de los ARNm que normalmente procesaría. La β-lapacona interrumpe la actividad de la ARN polimerasa II al inducir la producción de especies reactivas de oxígeno, lo que de nuevo conduce a una reducción de la síntesis de ARN. Otros inhibidores, como la triptolida y el DrB, actúan sobre la iniciación y la elongación transcripcional. La triptolida se une a una subunidad del complejo TFIIH, mientras que el DrB obstaculiza la capacidad de elongación de la ARN polimerasa II. Ambas acciones se traducen en un menor número de moléculas de ARN naciente para que las procese la subunidad 2 del complejo THO. La cordicepina, al incorporarse al ARN, termina prematuramente la elongación del ARNm, reduciendo así la producción de ARNm de longitud completa para la subunidad 2-like del complejo THO. La leptomicina B, aunque no es directamente un inhibidor de la transcripción o la replicación del ADN, impide la exportación de moléculas de ARN del núcleo al inhibir el receptor de la señal de exportación nuclear (NES), Crm1, lo que podría alterar la función normal de la subunidad 2-like del complejo THO en el procesamiento del ARNm. El flavopiridol y el ácido omnibetulínico, mediante la inhibición de las quinasas dependientes de ciclinas y de la ARN polimerasa III, respectivamente, contribuyen a la reducción general del panorama transcripcional, influyendo así en la cantidad de sustratos de ARN disponibles para la función de la subunidad 2-like del complejo THO.
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