Les activateurs chimiques de l'ATP6E1 peuvent s'engager dans une série d'interactions moléculaires qui renforcent la fonction de la protéine au sein du complexe de l'ATPase vacuolaire (V-ATPase), essentiel pour le transport de protons à travers les membranes cellulaires. Des composés tels que la benzamidine et le N-Ethylmaleimide inhibent les protéases qui, autrement, dégraderaient les sous-unités de la V-ATPase, maintenant ainsi l'intégrité structurelle de l'ATP6E1 et garantissant la poursuite de son activité dans le pompage des protons. De même, la présence de chlorure de zinc peut renforcer l'activité de l'ATP6E1 en stabilisant sa structure par modulation allostérique.
Par ailleurs, les inhibiteurs de la V-ATPase comme la Bafilomycine A1 et la Concanamycine A, malgré leur action inhibitrice, peuvent induire une réponse cellulaire compensatoire qui augmente l'activité d'autres complexes V-ATPase, y compris potentiellement ceux qui contiennent l'ATP6E1, afin de préserver l'équilibre du pH cellulaire. L'oligomycine A, un inhibiteur de l'ATP synthase, peut entraîner une augmentation des niveaux d'ATP cellulaire, ce qui soutient indirectement l'ATP6E1 en lui fournissant une plus grande quantité du substrat dont elle a besoin pour le transport des protons. Les ionophores et protonophores tels que la monensine, la nigéricine, la valinomycine, le DCCD et le FCCP perturbent les gradients ioniques et les fonctions mitochondriales, ce qui peut déclencher des mécanismes cellulaires visant à renforcer l'activité des V-ATPases contenant l'ATP6E1 afin de rétablir l'homéostasie ionique et du pH. Grâce à ces divers mécanismes moléculaires, chaque produit chimique contribue à l'activité soutenue de l'ATP6E1 dans son contexte cellulaire d'origine.
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