ATHL1阻害剤は、プリン代謝経路内の様々なメカニズムを通じて効果を発揮する化学物質であり、それぞれがATHL1活性を間接的に阻害する。アロプリノールとフェブキソスタットはいずれもキサンチンオキシダーゼ阻害剤であり、プリン代謝産物の蓄積をもたらす。このキサンチンオキシダーゼ阻害剤は、ATHL1が作用する基質や中間体のレベルを上昇させることにより、ATHL1のフィードバック阻害を引き起こす可能性がある。メトトレキサートとスルファサラジンはともにプリンヌクレオチドとピリミジンヌクレオチドの合成を阻害する。その結果、これらの分子の利用可能性が低下すると、ATHL1の作用に必要な基質が不足するため、ATHL1を間接的に阻害する可能性がある。
ミコフェノール酸、リバビリン、チアゾフリン、MIZORIBINEはイノシン一リン酸デヒドロゲナーゼ阻害剤として作用し、その結果グアノシンヌクレオチドの産生が減少する。その結果、ATHL1のプリン関連機能の基質が枯渇し、間接的に活性が低下する。6-メルカプトプリン、6-チオグアニン、メルカプトプリンリボシドのようなプリンアナログは、ATHL1の天然基質を模倣し、酵素を競合的に阻害し、その機能を低下させる。6-メルカプトプリンのプロドラッグであるアザチオプリンも同様に、代謝時にプリン合成を阻害し、ATHL1活性を低下させる可能性がある。
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