Os inibidores químicos do ZNF354C actuam através de vários mecanismos moleculares para inibir a atividade desta proteína. A queleritrina e a bisindolilmaleimida I têm como alvo a proteína quinase C (PKC), uma quinase responsável pela fosforilação de muitas proteínas, incluindo o ZNF354C. Ao inibir a PKC, estes compostos podem impedir a fosforilação do ZNF354C, que é uma modificação pós-tradução crucial necessária para a sua atividade. Do mesmo modo, a genisteína inibe a atividade das tirosina quinases, enzimas que catalisam a transferência de um grupo fosfato do ATP para um resíduo de tirosina numa proteína. Uma vez que a atividade do ZNF354C é regulada pela fosforilação, a ação da genisteína pode levar a uma diminuição da atividade do ZNF354C ao impedir esta modificação.
Além disso, o PD 98059 e o U0126 actuam a montante do ZNF354C, inibindo a proteína quinase activada por mitogénio (MAPK/ERK) e a MEK1/2, respetivamente. Estas enzimas fazem parte de uma cascata de sinalização que é frequentemente necessária para a ativação de várias proteínas, incluindo o ZNF354C. A inibição desta via por PD 98059 e U0126 pode reduzir o estado de ativação do ZNF354C. O LY294002 e a Wortmannin exercem os seus efeitos através da inibição das fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), que estão envolvidas em muitas funções celulares, incluindo a ativação de proteínas através da fosforilação. A esturosporina, um potente inibidor da quinase, pode também diminuir a atividade do ZNF354C inibindo a quinase responsável pela sua ativação. Por último, a seletividade da PP2 para as tirosina-quinases da família Src pode levar à inibição do ZNF354C. O SP600125 e o SB203580 têm como alvo as vias da JNK e da p38 MAP quinase, respetivamente, e, ao fazê-lo, podem inibir o ZNF354C.
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