Os inibidores químicos do VWCE podem interferir com a sua funcionalidade através de várias vias bioquímicas. O óxido de fenilarsina, ao inibir a proteína tirosina fosfatase, pode levar a um estado de fosforilação melhorado que afecta negativamente a atividade do VWCE. Do mesmo modo, a genisteína, como inibidor da tirosina quinase, pode impedir a fosforilação necessária para o funcionamento correto do VWCE. Estes estados de fosforilação são críticos para a atividade da proteína e a sua alteração pode resultar na inibição funcional do VWCE. O bisfenol A, um desregulador endócrino, pode alterar o ambiente hormonal necessário para a função do VWCE, prejudicando assim a sua atividade. A monensina perturba a função do aparelho de Golgi, que é fundamental para a modificação pós-tradução e o tráfico do VWCE, podendo assim prejudicar o estado funcional do VWCE.
Outros efeitos inibitórios sobre o VWCE podem ocorrer através da interferência no transporte intracelular e nas vias de síntese. A brefeldina A, que inibe o transporte de proteínas do retículo endoplasmático para o aparelho de Golgi, perturbaria provavelmente o processamento e a função da VWCE devido a um tráfico e modificação inadequados. A tunicamicina impede a glicosilação ligada à N, uma modificação que o VWCE pode necessitar para uma estrutura e função correctas. A cicloheximida e a puromicina inibem a síntese proteica, com a cicloheximida a impedir totalmente a síntese de VWCE e a puromicina a provocar a terminação prematura da cadeia durante a tradução, reduzindo assim a disponibilidade de VWCE funcionais. A tapsigargina e a trifluoperazina interferem com a sinalização do cálcio, uma via que pode ser essencial para a atividade do VWCE, com a tapsigargina a inibir a SERCA e a trifluoperazina a antagonizar a calmodulina. A oligomicina visa a ATP sintase mitocondrial, alterando potencialmente o equilíbrio energético da célula, que é crucial para a atividade do VWCE. Por último, a mevinolina prejudica a síntese de colesterol ao inibir a HMG-CoA redutase, o que pode afetar as jangadas lipídicas e a dinâmica das membranas, que são fundamentais para a função do VWCE. Cada produto químico, ao visar processos celulares específicos, pode levar a uma redução da atividade do VWCE através de mecanismos distintos mas convergentes.
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