Os inibidores do UBAP2 englobam um conjunto de produtos químicos que afectam principalmente o sistema ubiquitina-proteassoma (UPS) ou processos celulares relacionados em que o UBAP2 possa estar envolvido. Os inibidores do proteassoma, incluindo MG-132, Lactacistina, Bortezomib, MLN2238 e Withaferin A, têm como alvo as actividades proteolíticas do proteassoma. Ao afetar o UPS, estes inibidores podem influenciar indiretamente as funções de proteínas como a UBAP2, que estão associadas a processos de ubiquitinação. Além disso, existem produtos químicos como a Eeyarestatin I e a Spautin-1 que têm como alvo outros componentes do UPS, como a degradação de proteínas associadas ao retículo endoplasmático (ERAD) e as proteases específicas da ubiquitina, respetivamente. Estes agentes reforçam ainda mais a influência da função do UBAP2 no UPS.
Por outro lado, agentes como a cloroquina, a 3-metiladenina, o NH4Cl e a concanamicina A influenciam a função lisossómica ou as vias associadas. Dado o envolvimento da UBAP2 no tráfico entre endossomas e lisossomas, estes compostos podem modular indiretamente a funcionalidade da proteína. Em particular, a cloroquina e o NH4Cl afectam a acidificação lisossomal, que é um aspeto crítico do tráfico entre endossomas e lisossomas.
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