Os activadores químicos da Trak1 utilizam uma variedade de mecanismos celulares para influenciar a sua atividade. A bisindolilmaleimida I, como inibidor específico da proteína quinase C (PKC), ativa indiretamente a Trak1 reduzindo a fosforilação mediada pela PKC, o que permite que a Trak1 mantenha um estado ativo propício ao seu papel no tráfico mitocondrial. A forskolina, através da sua ativação da adenilato ciclase, leva a um aumento dos níveis de AMPc que, por sua vez, ativa a proteína quinase A (PKA). A PKA activada fosforila a Trak1, aumentando as suas interacções com as proteínas motoras e, por conseguinte, a sua função de tráfico. Do mesmo modo, o Dibutiril-CAMP, um análogo do AMPc, também ativa a PKA, que por sua vez actua para fosforilar e ativar a Trak1, facilitando o seu papel nos processos de transporte intracelular.
A ionomicina aumenta o cálcio intracelular, activando a proteína quinase dependente de cálcio/calmodulina (CaMK), que pode fosforilar a Trak1, promovendo assim a sua atividade relacionada com o transporte axonal. O 12-miristato 13-acetato de forbol (PMA) estimula diretamente a PKC, que fosforila e ativa a Trak1, aumentando o transporte mitocondrial. O ácido ocadaico e a calicilina A, ambos inibidores das proteínas fosfatases PP1 e PP2A, conduzem a um aumento global da fosforilação das proteínas, podendo afetar a Trak1 e, assim, modular o seu papel no tráfico de organelos. A anisomicina, que ativa a JNK, pode fosforilar a Trak1, influenciando assim a sua função durante as respostas ao stress celular. O galato de epigalocatequina (EGCG) inibe as fosfodiesterases, provocando um aumento do AMPc, que ativa posteriormente a PKA, levando à fosforilação e à ativação da Trak1. A queleritrina, ao inibir a PKC, altera os padrões de fosforilação que podem ativar o Trak1. Por último, o NONOato de Espermina liberta óxido nítrico, que ativa a guanilil ciclase, aumentando os níveis de GMPc que activam a PKG, outra quinase que pode fosforilar a Trak1, afectando assim a sua atividade.
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