Os inibidores químicos da TRA16 podem ser compreendidos através da lente das suas interacções com vias de sinalização específicas e processos celulares que se sabe influenciarem a função da proteína. A bisindolilmaleimida I e o Go6983, como potentes inibidores da proteína quinase C (PKC), inibem a TRA16 reduzindo potencialmente os processos de fosforilação dependentes da PKC de que a TRA16 pode depender para a sua atividade. Do mesmo modo, o LY294002 e a Wortmannin têm como alvo a via da fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), que, após inibição, poderia perturbar a sinalização a jusante necessária para a atividade funcional do TRA16. Se a atividade do TRA16 depender da sinalização PI3K, a obstrução desta via por estes inibidores conduziria a uma diminuição direta do rendimento funcional do TRA16.
Por outro lado, o U0126 e o PD98059 inibem especificamente a proteína quinase activada por mitogénio (MEK), o que, por sua vez, pode reduzir a sinalização da quinase regulada por sinal extracelular (ERK). Se o TRA16 estiver sujeito a regulação pela via MEK/ERK, a inibição desta via conduziria a uma redução da fosforilação do TRA16 mediada pela ERK, inibindo assim a sua função. O SB203580 e o SP600125 provocam a inibição através da ativação da p38 MAPK e da c-Jun N-terminal kinase (JNK), respetivamente. Se o TRA16 fizer parte da cascata de sinalização que envolve a p38 MAPK ou a JNK, a inibição por estes produtos químicos obstruiria a via de sinalização específica, conduzindo a uma diminuição da atividade do TRA16. A rapamicina, ao inibir a mTOR, poderia perturbar as vias centrais do crescimento celular e do metabolismo que podem envolver a TRA16, inibindo assim a proteína. O Y-27632, como inibidor da ROCK, poderia igualmente suprimir a atividade da TRA16 ao impedir a via da proteína quinase associada à Rho. Por último, a inibição das cinases Aurora pelo ZM-447439 poderia interferir com os mecanismos de regulação do ciclo celular que poderiam ser essenciais para a função da TRA16, levando assim à sua inibição. Cada produto químico consegue inibir o TRA16 visando estas cinases e vias específicas que fazem parte integrante do papel do TRA16 na célula.
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