Sabe-se que os inibidores do TMEM99, a Brefeldina A e a Monensina, perturbam as vias de transporte intracelular, incluindo o tráfico ER-Golgi, que é um passo crítico na maturação e função de proteínas transmembranares como o TMEM99. A alteração deste transporte pode resultar na localização incorrecta ou na degradação do TMEM99. A tunicamicina e a tapsigargina são agentes que têm como alvo os processos de dobragem e glicosilação no retículo endoplasmático (RE). A inibição da glicosilação ligada à N pela tunicamicina e a perturbação da homeostase do cálcio no RE pela tapsigargina podem conduzir a uma resposta ao stress que afecta a estabilidade e a expressão de proteínas associadas ao RE, incluindo o TMEM99. O ácido ciclopiazónico e o DTT influenciam ainda mais a dobragem das proteínas no RE, com o DTT a perturbar a formação de ligações dissulfureto, um processo que é frequentemente crucial para a conformação adequada das proteínas transmembranares.
A cloroquina e a U18666A podem alterar as vias endossómica e lisossómica, bem como a distribuição intracelular do colesterol, respetivamente. Estas alterações podem afetar a degradação e a associação membranar das proteínas transmembranares. O GW4869 e a Filipina têm impacto na composição e integridade das jangadas lipídicas, que são microdomínios especializados da membrana que podem desempenhar um papel na localização e função de proteínas como a TMEM99. Por último, o Nocodazole e a Nistatina têm efeitos mais amplos no tráfico intracelular e na integridade da membrana. A perturbação da dinâmica dos microtúbulos pelo Nocodazol pode prejudicar os mecanismos de transporte intracelular que são essenciais para a localização correcta do TMEM99. A nistatina, ao perturbar a integridade da membrana, pode afetar a função global das proteínas transmembranares.
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