Os inibidores químicos do recetor 13 do tipo Toll (TLR13) funcionam através de vários mecanismos para perturbar a via normal de sinalização deste recetor do sistema imunitário inato. A cloroquina, a quinacrina e a hidroxicloroquina actuam através do aumento do pH nos endossomas. Esta elevação do pH prejudica o processo de maturação do endossoma, que é um passo crítico para que o TLR13 reconheça os seus ligandos de ARN. Sem o reconhecimento adequado, a cascata de sinalização que normalmente se segue à ligação do ligando é interrompida. O agente lisossomotrópico Cloreto de Amónio aumenta de forma semelhante o pH endossómico, conduzindo a um efeito inibidor comparável na sinalização do TLR13. A monensina, um ionóforo, interrompe os gradientes de pH alterando o equilíbrio iónico necessário para a acidificação endossomal, inibindo indiretamente o processo de reconhecimento essencial para a ativação do TLR13.
Por outro lado, a Bafilomicina A1 e a Concanamicina A têm como alvo a H+-ATPase de tipo vacuolar (V-ATPase), uma bomba de protões que acidifica os endossomas. Ao inibir a V-ATPase, estes compostos impedem que o endossoma atinja o pH ácido necessário para que o TLR13 detecte os seus ligandos. O E-64 e o Z-VAD-FMK, ambos inibidores da protease, interferem com o processamento proteolítico nos endossomas. Este processamento é frequentemente um pré-requisito para a apresentação correcta e o reconhecimento dos ligandos pelo TLR13. A pepstatina A, um inibidor da protease aspártica, também interrompe esta atividade proteolítica crítica no endossoma. A nistatina afecta a integridade da membrana endossómica, o que pode interferir com o reconhecimento do ligando pelo TLR13. Por último, o U18666A altera a composição da membrana endossómica ao inibir o transporte de colesterol, o que pode perturbar o ambiente de membrana necessário para a sinalização mediada por TLR13. Cada um destes produtos químicos, ao afetar o ambiente endossómico ou os processos no seu interior, pode interromper a atividade do TLR13, parando a capacidade do recetor de sinalizar eficazmente após o reconhecimento do ligando.
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