Os inibidores do TAF II p250 formam uma classe de compostos que actuam através de vários mecanismos moleculares para reduzir a atividade ou a expressão deste coactivador transcricional. Os processos de inibição são diversos e incluem a supressão da atividade da quinase, a interferência com a maquinaria transcricional, a obstrução das vias de sinalização e alterações na estabilidade da proteína ou nas interacções com o ADN.
Os compostos listados actuam perturbando nós críticos nas redes de sinalização, como mTOR, CDKs e a via MAPK/ERK, que estão a montante da regulação transcricional. A inibição destas cinases por moléculas como a rapamicina e o flavopiridol, respetivamente, impede os eventos transcricionais a jusante, afectando provavelmente os níveis de TAF II p250. Outras moléculas, como a DRB e a α-Amanitina, inibem diretamente a maquinaria de transcrição, limitando a transcrição de uma vasta gama de genes, incluindo o de TAF II p250. Alguns inibidores, como a Actinomicina D e a Mitramicina A, funcionam ligando-se ao ADN e obstruindo o processo de transcrição. Os inibidores da autofagia, como a cloroquina, e os inibidores do proteassoma, como o MG132, perturbam as vias de degradação intracelular, o que pode levar a um desequilíbrio na homeostase das proteínas celulares e afetar indiretamente os níveis de transcrição.
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