Os inibidores químicos do SAA2 funcionam através de vários mecanismos moleculares para interromper a atividade da proteína. A cloroquina actua aumentando o pH nos endossomas, o que pode inibir o processo de acidificação essencial para o tráfico endossomal-lisossomal da SAA2. Em consequência, o processamento ou a secreção de SAA2 podem ser prejudicados. Outro inibidor, a ciclosporina A, tem como alvo a via da calcineurina do sistema imunitário. Ao inibir a calcineurina, a ciclosporina A pode interferir com as vias de sinalização que regulam a atividade do SAA2 na resposta imunitária. O modo de ação do GW4869 é através da inibição da esfingomielinase neutra, uma enzima envolvida na produção de ceramida. A ceramida é uma molécula lipídica que participa na sinalização inflamatória, o que sugere que o GW4869 pode inibir a função da SAA2 ao interromper as vias mediadas pela ceramida.
O PD98059, um inibidor seletivo da quinase MAPK/ERK, e o BAY 11-7085, que inibe a ativação do NF-kB, actuam ambos nas vias de sinalização que são importantes para a atividade do SAA2 durante a resposta de fase aguda. Ao bloquear estas vias, estes inibidores podem suprimir a função do SAA2 na inflamação. O SP600125 e o SB203580 têm como alvo diferentes cinases envolvidas nas respostas ao stress e à inflamação, nomeadamente a c-Jun N-terminal kinase e a p38 MAP kinase, respetivamente. Ao inibir estas cinases, o SP600125 e o SB203580 podem interromper a sinalização necessária para o envolvimento do SAA2 nestas respostas. O Y-27632, que inibe a proteína quinase associada à Rho, e a Manumicina A, um inibidor seletivo da Ras farnesiltransferase, afectam ambas as vias de sinalização que podem ser cruciais para os efeitos funcionais do SAA2 na inflamação. A inibição pelo Y-27632 pode resultar da alteração da dinâmica do citoesqueleto de actina, enquanto a Manumicina A pode interferir com a sinalização de Ras. Por último, Exo1 e JSH-23 afectam a libertação e a atividade de SAA2 inibindo a secreção de exossomas e a translocação nuclear de NF-kB, respetivamente, que são processos que podem modular a função de SAA2 na célula.
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