Os inibidores químicos da RIM-BP2 podem exercer os seus efeitos inibitórios através de vários mecanismos que envolvem a perturbação da dinâmica do citoesqueleto e do tráfico de vesículas, ambos essenciais para a função da RIM-BP2 na libertação de vesículas sinápticas. A faloidina, por exemplo, liga-se e estabiliza os filamentos de actina, impedindo a sua remodelação, da qual a RIM-BP2 depende para modular a atividade sináptica. Da mesma forma, a latrunculina A sequestra os monómeros de actina e a citocalasina D liga-se às extremidades farpadas dos filamentos de actina, o que leva à desestabilização do citoesqueleto de actina que a RIM-BP2 utiliza. O jasplakinolide também estabiliza os filamentos de actina, mas fá-lo de uma forma que os bloqueia num estado incompatível com a mobilização de vesículas sinápticas que o RIM-BP2 suporta.
Além disso, a blebistatina e o ML-7 têm como alvo a miosina II e a cinase da cadeia leve da miosina (MLCK), respetivamente, ambos componentes-chave dos sistemas contrácteis que contribuem para o movimento das vesículas, um processo ao qual o RIM-BP2 tem estado associado. A inibição da proteína quinase associada à Rho (ROCK) pelo Y-27632 pode levar a alterações na regulação da actina que, indiretamente, prejudicam as funções sinápticas associadas à RIM-BP2. Tanto a Wiskostatina como a CK-636 inibem componentes da maquinaria de polimerização da actina, com a Wiskostatina a inibir o complexo N-WASP-Arp2/3 e a CK-636 a visar especificamente o complexo Arp2/3, o que poderia impedir as actividades da RIM-BP2 relacionadas com a actina. Do mesmo modo, a SMIFH2, ao inibir a formação de filamentos de actina mediada pela formin, pode perturbar a arquitetura da actina necessária para o papel da RIM-BP2. Por fim, os agentes que visam os microtúbulos, o Nocodazole e a Colchicina, podem inibir a RIM-BP2 ao interferir com os sistemas de transporte baseados nos microtúbulos, que são essenciais para o posicionamento e as capacidades operacionais da RIM-BP2 nas junções sinápticas.
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