Os inibidores químicos da PDIK1L podem afetar a sua função através de vários mecanismos, principalmente competindo com o ATP pelo local de ligação ou interferindo com a via de ativação da quinase. A esturosporina, conhecida pelo seu amplo espetro de inibição da cinase, pode ligar-se à bolsa de ligação ao ATP da PDIK1L, obstruindo assim o ATP necessário para a fosforilação dos substratos. Do mesmo modo, a bisindolilmaleimida I, que é um inibidor seletivo da proteína quinase C, pode potencialmente inibir a PDIK1L de forma comparável devido à homologia estrutural com as cinases. O H-89, que tem como alvo a proteína quinase A, é outro exemplo que pode inibir a PDIK1L através da prevenção da ligação do ATP à quinase. O LY294002 e a Wortmannin, ambos inibidores das fosfoinositídeos 3-quinases, podem interferir com as vias de sinalização PI3K, o que pode ser um pré-requisito para a atividade cinase do PDIK1L.
Além disso, o SP600125, que inibe a c-Jun N-terminal kinase, pode impedir os eventos de fosforilação mediados pela JNK, que podem ser essenciais para a ativação da PDIK1L. O U0126, um inibidor da MEK1/2 na via MAPK/ERK, pode interromper a sinalização a jusante necessária para a função da PDIK1L. O SB203580 inibe especificamente a p38 MAP quinase e, se a atividade da PDIK1L for mediada por esta via, a sua função pode ser inibida. O lapatinib, que tem como alvo as tirosina quinases EGFR e HER2/neu, também pode inibir a PDIK1L se esta for activada por vias que envolvam estes receptores. O mesilato de imatinib, que tem como alvo as tirosina-quinases como BCR-ABL, c-Kit e PDGFR, e o dasatinib, que inibe as tirosina-quinases BCR-ABL e da família Src, podem impedir a fosforilação necessária para a ativação da PDIK1L se esta for de facto regulada por estas quinases. Por último, o sorafenib, que tem como alvo vários receptores tirosina-quinases envolvidos na sinalização celular, pode inibir o PDIK1L se este fizer parte de uma cascata de sinalização que envolva estes receptores. Cada inibidor tem um modo de ação único, mas todos acabam por convergir para o objetivo comum de impedir a atividade cinase do PDIK1L.
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