Os inibidores listados visam principalmente processos a montante da poliadenilação, como a transcrição e o processamento do ARN, que podem influenciar indiretamente a atividade da PAP-α. Dado o papel crítico da PAP-α na maturação do ARN, a modulação destes processos a montante é relevante para compreender a sua função e potencial regulação. A cordicepina e a actinomicina D podem afetar diretamente a síntese e o processamento do ARN, afectando potencialmente os substratos disponíveis para a PAP-α. A α-manitina, a DRB e os compostos que inibem a RNA polimerase II ou III diminuiriam a síntese de substratos de ARN para a PAP-α.
O flavopiridol e a triptolida, ao inibirem factores envolvidos no alongamento e na iniciação da transcrição, podem afetar indiretamente a atividade da PAP-α. A leptomicina B e o selinexor, que afectam a exportação nuclear, podem influenciar indiretamente a dinâmica dos substratos de ARN processados pela PAP-α. O CX-5461, ao inibir a RNA polimerase I, pode influenciar a síntese do RNA ribossómico, afectando assim indiretamente o papel da PAP-α no processamento do mRNA. Os inibidores do spliceossoma, como a Meayamycin B e o Pladienolide B, poderiam afetar a maturação de substratos de pré-RNAm para a PAP-α.
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