Os inibidores químicos da MYLK3 exercem os seus efeitos inibitórios através de vários mecanismos que visam vias de sinalização específicas e cinases que estão interligadas com o papel funcional da MYLK3. Os ML-7 e ML-9, por exemplo, inibem a cinase da cadeia leve da miosina (MLCK), resultando numa diminuição da fosforilação das cadeias leves da miosina. Como a MYLK3 também fosforila essas cadeias leves de miosina, a ação do ML-7 e do ML-9 reduz indiretamente a disponibilidade do substrato para a MYLK3, inibindo assim a sua atividade. Da mesma forma, a Staurosporina, um inibidor da proteína quinase de largo espetro, suprime a proteína quinase C (PKC), que partilha vias de sinalização com a MYLK3, especialmente na regulação da contração muscular. Ao inibir a PKC, a Staurosporina diminui indiretamente a capacidade do MYLK3 para fosforilar os seus alvos a jusante.
Os inibidores químicos como a Wortmannin e o LY294002 inibem a fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), interrompendo a sinalização PI3K/AKT que é crucial para muitos processos celulares, incluindo os que envolvem MYLK3. Ao obstruir esta via, estes inibidores contribuem para a inibição funcional do MYLK3. De forma semelhante, o H-89 e o Gö 6976 têm como alvo a proteína quinase A (PKA) e as proteínas quinases dependentes de cálcio/calmodulina, respetivamente. A inibição destas cinases pelo H-89 e pelo Gö 6976 pode reduzir a fosforilação de proteínas da mesma via do MYLK3, inibindo assim indiretamente a sua atividade cinase. O Y-27632 e o KN-93, ao inibirem a ROCK e a CaMKII, respetivamente, afectam a dinâmica do citoesqueleto de actina e as vias de sinalização do cálcio, ambas essenciais para o bom funcionamento da MYLK3. A inibição destas cinases pelo Y-27632 e pelo KN-93 leva a uma redução da atividade funcional do MYLK3, uma vez que este está envolvido em processos relacionados. Além disso, o U0126, o PD 98059 e o SB 203580 inibem especificamente a MEK1/2 e a p38 MAP quinase, respetivamente, que estão a montante da sinalização ERK. Uma vez que o MYLK3 está envolvido na via da ERK, a inibição destas cinases pode levar a uma diminuição da atividade cinase do MYLK3.
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