Os inibidores químicos da MTERFD3 utilizam uma variedade de mecanismos para modular a função da proteína. A auranofina tem como alvo o sistema tioredoxina-tioredoxina redutase, levando a uma acumulação de espécies reactivas de oxigénio (ROS) que podem resultar em danos oxidativos nas proteínas, incluindo a MTERFD3. Do mesmo modo, o Ebselen actua como um mímico da glutationa peroxidase, modulando o stress oxidativo e contribuindo potencialmente para a modificação oxidativa e a inibição do MTERFD3. A genisteína, como inibidor da tirosina quinase, pode levar à diminuição da fosforilação de proteínas nas vias de sinalização que envolvem a MTERFD3, inibindo assim a sua função. O PD173074, um inibidor seletivo do FGFR, pode obstruir as vias de sinalização a jusante que envolvem o MTERFD3, levando à sua inibição. Outro inibidor, o LY294002, impede a PI3K de ativar a fosforilação da AKT, o que pode perturbar os processos celulares que envolvem a MTERFD3.
Além disso, o U0126, ao inibir a MEK1/2 e, assim, impedir a ativação da ERK1/2, pode reduzir a atividade da MTERFD3 se esta fizer parte da rede de sinalização ERK. A inibição com SB203580 impede a via p38 MAPK, inibindo potencialmente o MTERFD3 se este estiver associado a esta via. O SP600125, que inibe a JNK, pode afetar a função do MTERFD3 se este estiver envolvido em vias relacionadas com a JNK, incluindo a apoptose. Os inibidores proteasomais, como o bortezomib e o MG132, podem levar à acumulação de MTERFD3 mal dobrado ou ubiquitinado, respetivamente, resultando na sua inibição funcional devido a um dobramento inadequado ou a uma degradação bloqueada. A withaferina A pode modificar a função do MTERFD3 através da modificação covalente dos seus resíduos de cisteína. Por último, a oligomicina A inibe a ATP sintase, reduzindo potencialmente os níveis de ATP necessários para a atividade da MTERFD3, inibindo assim a sua função.
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