Os inibidores químicos da Med29 operam através de várias vias bioquímicas para conseguir a inibição funcional deste coactivador da transcrição. A triptolida tem como alvo a via do NF-kappaB, que se sabe que o Med29 co-ativa. Ao inibir a atividade transcricional do NF-kappaB, a triptolida reduz a expressão dos genes que o Med29 co-ativa. Do mesmo modo, o inibidor de IκBα impede a degradação de IκBα, que normalmente sequestra o NF-kappaB para fora do núcleo, reduzindo assim também a atividade transcricional em que o Med29 está envolvido. Os inibidores do proteassoma, como o MG132 e o bortezomib, podem resultar na acumulação de repressores da transcrição ou de outras proteínas reguladoras na célula, o que pode inibir indiretamente a função do Med29, impedindo a montagem ou a ação adequadas da maquinaria transcricional de que o Med29 faz parte.
A cicloheximida inibe indiretamente a Med29 ao bloquear a síntese proteica, reduzindo assim os níveis de factores de transcrição que a Med29 normalmente coactivaria. Isto cria uma escassez de complexos funcionais de factores de transcrição de que o Med29 necessita para ajudar no processo de transcrição. A leptomicina B, ao inibir a exportação de ARNm, afecta indiretamente os processos de transcrição em que a Med29 está envolvida, conduzindo a uma redução da expressão genética. A tricostatina A, através da sua inibição das histonas desacetilases, pode alterar a estrutura da cromatina, reduzindo potencialmente a acessibilidade da Med29 às regiões do ADN que visa. A ação da 5-azacitidina resulta na hipometilação do ADN, o que pode levar a alterações estruturais que inibem a capacidade do Med29 para facilitar eficazmente a transcrição. A actinomicina D e a α-Amanitina inibem diretamente o processo de transcrição, ligando-se ao ADN e inibindo a RNA polimerase II, respetivamente, impedindo assim a transcrição de genes em que a Med29 desempenha um papel coactivador. Por último, o PI-103 e a Rapamicina inibem a via de sinalização PI3K/Akt/mTOR, o que pode influenciar indiretamente as modificações pós-traducionais das proteínas e dos coactivadores que interagem com o Med29, conduzindo a uma desregulação da sua função coactivadora.
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