Os inibidores químicos da MD-1 utilizam vários mecanismos para impedir a função desta proteína nas vias de sinalização imunitária. O BAY 11-7082, a partenolida e a wedelolactona exercem os seus efeitos inibitórios visando a via do NF-κB, que está integralmente ligada à atividade funcional da MD-1. O BAY 11-7082 inibe especificamente a fosforilação de IκBα, um evento precursor da ativação de NF-κB. Do mesmo modo, a partenolida suprime o NF-κB, visando e inibindo diretamente este fator de transcrição, enquanto a wedelolactona actua como inibidor da IκB quinase, uma enzima-chave no processo de fosforilação que ativa o NF-κB. A emodina e a andrographolide também contribuem para a inibição do NF-κB, com a emodina a interferir com a atividade cinase do IκB e a andrographolide a inibir a ativação do NF-κB modificando os resíduos de cisteína na sua via de ativação.
Em conjunto com estes, o SN50, o PDTC, o QNZ (EVP4593), o TPCA-1, o JSH-23, o IMD-0354 e o sulforafano constituem um grupo de inibidores que impedem a ativação e a translocação nuclear do NF-κB, que é um passo crítico para que o MD-1 exerça o seu papel nas respostas imunitárias. O SN50 contém uma sequência peptídica que impede a translocação nuclear do NF-κB ativado. O PDTC bloqueia a modificação oxidativa do IκB, impedindo assim a degradação que, de outro modo, conduziria à ativação do NF-κB. O QNZ impede a translocação do NF-κB para o núcleo e a sua subsequente atividade transcricional. TPCA-1 inibe seletivamente a IκB quinase-2, crucial para a degradação de IκB. O JSH-23 impede a entrada do NF-κB no núcleo e a sua ligação ao ADN, o IMD-0354 inibe a IκB quinase e o sulforafano bloqueia a degradação do IκB. Estas diversas acções químicas convergem para o resultado comum de inibir o NF-κB, reduzindo assim a atividade funcional do MD-1 nas cascatas de sinalização imunitária.
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