Os inibidores da MBD3L3 são um grupo diversificado de compostos químicos que actuam principalmente através da alteração do estado de metilação do ADN, que é essencial para a ligação e função da MBD3L3. O MBD3L3, um membro da família do domínio de ligação metil-CpG, reconhece e liga-se ao ADN metilado. Esta interação é crucial para o seu papel na organização da cromatina e na regulação da expressão genética. Inibidores como a 5-Azacitidina e a Zebularina são incorporados no ADN durante a replicação e prendem as DNA metiltransferases, respetivamente, levando a uma diminuição dos níveis de metilação do ADN. Como resultado, a capacidade do MBD3L3 para se ligar ao ADN metilado fica comprometida, inibindo a sua função.
Outros inibidores, como o RG108 e a genisteína, visam diretamente as metiltransferases do ADN, impedindo-as de adicionar grupos metilo ao ADN. Esta hipometilação do ADN reduz a afinidade de ligação do MBD3L3 ao ADN, inibindo assim a sua atividade funcional. Compostos como a S-adenosil homocisteína elevam os níveis de homocisteína, que compete com a S-adenosilmetionina e dificulta o processo de metilação, diminuindo indiretamente a ação da MBD3L3. Os dadores de óxido nítrico, como o SNAP, e os inibidores da fosfodiesterase, como a cafeína, podem modular as vias de sinalização intracelular que influenciam a maquinaria de metilação do ADN, conduzindo a um ambiente menos propício à ligação do MBD3L3.
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