Os inibidores químicos do recetor 3 de KDEL visam vários aspectos da função celular para perturbar o papel da proteína na reciclagem das proteínas residentes no retículo endoplasmático (RE) do aparelho de Golgi para o RE. A brefeldina A e a monensina interferem na formação de vesículas e nos gradientes catiónicos, respetivamente, que são essenciais para o funcionamento correto do aparelho de Golgi. A perturbação causada por estes produtos químicos leva a um comprometimento da capacidade do recetor KDEL 3 de circular entre o Golgi e o ER, inibindo assim a sua capacidade de reciclagem de proteínas. A tunicamicina e a castanospermina têm como alvo os processos de glicosilação e as enzimas glucosidase, essenciais para a dobragem e o tráfico das glicoproteínas. Como o recetor 3 do KDEL é uma proteína transmembranar que depende de uma glicosilação adequada para a sua função, estes inibidores podem prejudicar a capacidade do recetor para se ligar e reciclar proteínas. Do mesmo modo, a swainsonina e a desoxinojirimicina inibem as enzimas envolvidas no processamento dos glicanos, o que pode levar a uma deformação e localização incorrecta das glicoproteínas, incluindo o recetor KDEL 3, obstruindo a sua função normal de reciclagem.
Inibidores adicionais, como a tapsigargina, que perturba a homeostase do cálcio no ER, podem afetar a afinidade de ligação e a reciclagem do recetor 3 KDEL devido a níveis de cálcio alterados. Os agentes desreguladores dos microtúbulos, como a Colchicina e o Nocodazole, inibem diretamente o recetor 3 do KDEL, impedindo o seu tráfico ao longo da rede de microtúbulos, essencial para o seu movimento e função intracelulares. A bafilomicina A1 e a cloroquina aumentam o pH nos compartimentos intracelulares, afectando a ligação e libertação de ligandos dependente do pH, que é crucial para o processo de reciclagem do recetor KDEL 3. Por último, a EerI induz o stress do ER e a resposta às proteínas não dobradas, levando a uma acumulação de proteínas mal dobradas no ER. Este stress pode efetivamente inibir a função do recetor KDEL 3, sobrecarregando o recetor com um excesso de proteínas para reciclar, impedindo assim o seu papel na manutenção da homeostase do RE.
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