Os inibidores químicos da JAML podem exercer os seus efeitos através da interferência em várias vias de sinalização celular que são cruciais para a função da proteína na adesão e migração celular. O LY294002 e a Wortmannin são ambos inibidores da PI3K, uma quinase vital para uma multiplicidade de funções celulares, incluindo a regulação da adesão celular. Ao inibir a PI3K, estes produtos químicos podem perturbar a sinalização subsequentes necessária para o funcionamento correto da JAML nos complexos de adesão celular. Do mesmo modo, o PP2, como inibidor da quinase da família Src, pode reduzir a fosforilação da tirosina de proteínas envolvidas na adesão celular, comprometendo potencialmente as funções adesivas e de sinalização em que a JAML está activada. A inibição da p38 MAPK pelo SB203580 poderia diminuir a resposta da célula a estímulos inflamatórios e ao stress, o que poderia ser necessário para a regulação da adesão e migração celular envolvendo a JAML.
Além disso, o PD98059 e o U0126 têm como alvo a via MEK/ERK, uma via crítica para a transmissão de sinais que regulam a proliferação, a diferenciação e a adesão celulares - processos em que o JAML está implicado. Ao bloquear esta via, estes inibidores podem reduzir as actividades celulares que dependem da função da JAML. O SP600125, um inibidor da JNK, pode prejudicar as vias de sinalização inflamatória e os mecanismos de migração celular, afectando potencialmente o papel da JAML nestes processos. A xestospongina C perturba a sinalização do cálcio inibindo o recetor IP3, o que leva a uma redução da libertação de Ca2+; uma vez que a sinalização do cálcio é essencial para a adesão e a motilidade das células, isto pode inibir indiretamente a função da JAML. O ML7 e o Y-27632 têm como alvo a cinase da cadeia leve da miosina e a ROCK, respetivamente, que são centrais para a dinâmica do citoesqueleto e para as alterações da forma das células, processos em que a atividade da JAML é essencial. Sem a regulação adequada do citoesqueleto, o papel da JAML na adesão celular poderia ser prejudicado. Além disso, o Gö6976 actua como um inibidor da proteína quinase C, afectando potencialmente a formação de junções celulares, uma área em que a JAML mostrou que podem ser activadas. Por último, o BAPTA, ao quelar o cálcio, pode perturbar as vias de sinalização intracelular do cálcio, que são vitais para a adesão e migração celular, influenciando assim o envolvimento funcional da JAML nestes processos.
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