Os inibidores químicos da HS6ST2 podem exercer os seus efeitos inibitórios através de várias interacções e mecanismos bioquímicos. A suramina, por exemplo, tem uma capacidade de largo espetro para se ligar a múltiplos receptores de factores de crescimento e enzimas, incluindo sulfotransferases como a HS6ST2. Ao ligar-se diretamente ao sítio ativo ou ao sítio de ligação do substrato da HS6ST2, a Suramina pode obstruir a função normal da enzima, que é essencial para a transferência de grupos sulfato para os seus substratos. Do mesmo modo, o Triclosan é conhecido pelos seus efeitos inibitórios na proteína redutase do transportador de enoil-acilo e pode também alargar esta inibição a outras sulfotransferases ao interagir com os seus sítios activos, levando à inibição funcional da HS6ST2. O bisfenol A, que actua como um desregulador endócrino, pode ligar-se a várias enzimas e interferir potencialmente com as interacções enzima-substrato da HS6ST2, inibindo assim a sua atividade de sulfatação.
Além disso, vários compostos polifenólicos exibem acções inibitórias sobre as proteínas cinases, que podem inibir indiretamente a HS6ST2. Os flavonóides como a quercetina, o kaempferol e a genisteína, bem como os polifenóis como o resveratrol, têm a capacidade de se ligar às proteínas cinases, o que, por sua vez, pode alterar o estado de fosforilação da HS6ST2 ou dos seus substratos, afectando assim a atividade enzimática da HS6ST2. A curcumina, conhecida por inibir uma variedade de proteínas cinases, pode influenciar de forma semelhante a HS6ST2, alterando os padrões de fosforilação da própria proteína ou das suas proteínas relacionadas. O ácido clorogénico e o ácido elágico, ao actuarem em várias enzimas, podem interagir com o local ativo ou com os locais alostéricos da HS6ST2, inibindo potencialmente a sua função. As catequinas, como a catequina e o galato de epigalocatequina (EGCG), são inibidores enzimáticos conhecidos que podem interagir diretamente com a HS6ST2, impedindo a sua atividade de sulfotransferase, levando assim à perda da sua capacidade funcional para catalisar a transferência de grupos sulfato para os seus substratos específicos.
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