Os inibidores químicos da HIPK4 podem atingir a inibição funcional através de uma variedade de interacções bioquímicas, principalmente competindo com o ATP pelo sítio ativo da quinase ou interferindo com as suas vias reguladoras. A estaurosporina, conhecida pela sua ampla inibição da quinase, pode inibir eficazmente a HIPK4 ocupando a sua bolsa de ligação ao ATP, impedindo assim que o ATP se ligue e inicie o processo de fosforilação pelo qual a HIPK4 é responsável. Do mesmo modo, a Bisindolilmaleimida I, originalmente caracterizada como um inibidor da proteína quinase C, pode também ligar-se ao local de ligação protéica da HIPK4 devido a semelhanças estruturais, levando à inibição da sua atividade cinase. Outro produto químico, a 5-Iodotubercidina, actua como um análogo da adenosina, que compete com o ATP no sítio ativo da quinase, impedindo assim a função enzimática da HIPK4.
Além disso, o H-89, um inibidor da proteína quinase A, pode inibir a HIPK4 através de um mecanismo semelhante de inibição competitiva no local de ligação protéica. O inibidor da JNK SP600125, embora não seja um inibidor direto, pode perturbar as interacções proteína-proteína nas vias de sinalização que incluem o HIPK4, impedindo assim indiretamente a sua atividade. O LY294002 e a Wortmannin têm como alvo a via PI3K/AKT, com o LY294002 a ligar-se diretamente e a inibir a PI3K, que está a montante da AKT e pode regular a atividade do HIPK4. A Wortmannin consegue um efeito semelhante, levando a uma inibição indireta do HIPK4 através da desestabilização da via PI3K/AKT que pode modular a função do HIPK4. A rapamicina, um inibidor da mTOR, suprime a via de sinalização da mTOR, que tem efeitos subsequentes que incluem a modulação de cinases como a HIPK4. No contexto das vias da MAP quinase, o PD98059 e o U0126 têm como alvo a MEK, que é uma quinase ascendente na via da ERK. Ao inibir a MEK, estes produtos químicos impedem a ativação da ERK, que por sua vez pode regular a atividade da HIPK4, levando à sua inibição funcional. A inibição selectiva da p38 MAP quinase pelo SB203580 pode também inibir indiretamente o HIPK4, modificando as vias de resposta ao stress em que o HIPK4 pode estar envolvido. Por último, o PP2, um inibidor seletivo das cinases da família Src, pode inibir o HIPK4 através de uma inibição competitiva no local de ligação ao ATP, explorando a semelhança nos domínios de ligação ao ATP das cinases Src e do HIPK4 para conseguir a inibição.
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